谜之彼女X故事发生在都立风见台高中，椿明（入野自由 配音）是一个极其普通的男孩，不知什么时候，明的目光开始转向了新来的内向型转学生波卜美琴（吉谷彩子 配音）。美琴有着用剪刀剪碎一切的可怕爱好，就是这样一个古怪的女孩，明居然因为无意间接触到了她的口水而深深的迷上了她！ 　　就这样，明和美琴之间奇异的恋爱开始了。对于明来说，美琴的一切都是谜，对于从来不主动开口说话的美琴，口水似乎成为了他们之间唯一有效的交换感情的方式。随着交往的深入，明逐渐的发现，对于恋爱，其实美琴有着意外天真和害羞的一面，而美琴的性格，并不如表面上所看到的那样孤僻