午夜火车又一年清明将至，自幼生长在孤儿院且性格张扬跋扈的美丽女孩杨洁（霍思燕 饰）接到一封信，信中称久未相见，邀她回来探望，并随信附上一张开往“清明站”的火车票。杨洁返回孤儿院，却发现发信人并非当年照看她的院长，为了一探究竟，她决定登上那列神秘列车。列车诡异阴森，气氛肃杀，列车长（王双宝 饰）表情捉摸不定，似有隐情，而在餐车做饭的疯女人（惠英红 饰）则将杨洁认成自己的女儿，大受惊吓。所幸她在途中邂逅了英俊帅气的红毛（李宗翰 饰）。给她以短暂而虚幻的安慰。　　需要面对的终将面对，那段被遗忘的经历，在开往清明的路上慢慢揭晓……