忍者怪物日本战国时代随着德川家一统天下而落下帷幕。在战国乱世发挥了巨大作用的忍者集团，由于其潜在的威胁而遭到幕府的封杀。当是时，长野藩大旱连年，饿殍遍野，处于贫困破败的时刻。在之前的联络杳无音讯的情况下，长野藩的公主幸姬（森川葵 饰）只得亲自上路前往江户。公主一行经过某座大山，传言山中有某种可怕的妖怪，因此村民极力劝阻公主远离此山。然而本藩危难迫在眉睫，藩主又突然离世，公主一行只能铤而走险。他们入山没过多久，便遭到可怕怪物的袭击。关键时刻，随行的忍者传藏（藤冈靛 饰）搭救公主。　　危难的旅程就此开始，柔弱公主最终能否抵达江户？而逡巡在他们身边的怪物究竟是什么？