超班宝宝故事讲述了心童(赵廷恩饰)自小缺乏母亲照顾，由父亲天际(林家栋饰)独力养大。表面上二人是一对模范父女，然而，双方其实缺乏沟通。 一天，心童遇上从实验室逃走出来的思哲(原岛大地饰)，自小吃基因改造食物“超级宝宝”长大的思哲，智商远远超越同龄的儿童，然而，“超级宝宝”虽可提升儿童智商，却同时会令人患上燥狂症，思哲也不例外。　　　　另一方面，“超级宝宝”总裁Chole(田蕊妮饰)誓要找回思哲，但反被心童和思哲二人偷偷潜入“超级宝宝”总部，发现了她的阴谋，原来Chole为了赚钱，明知基因改做食品对儿童有副作用都置之不理。心童将此事告知天际，二人决心查出真相，以免更多儿童受害。过程中，三人互相扶持，思哲被心童父女的爱心打动，渐渐变得主动，同时，思哲亦令心童父女打开心扉，反思自身与对方的关系。