四海鲸骑第一季皇帝巡海之际，太子建文亲眼目睹了自己亦师亦友的郑提督突然弑君，反被朝廷诬陷为弑父夺位，慌乱中驾驶了青龙灵船逃回泉州欲返回金陵向燕王叔叔，郑提督接受监国燕王的命令回到泉州对建文进行缉拿，建文太子识破之后从泉州开启了往南的逃亡之旅，建文逃亡途中结交了东瀛忍者七里、蒙古水师统领腾格斯，博物学家佛郎机人哈罗德，四人在冒险途中结下了真挚的友情，准备展以南海蓬莱岛最大海盗破军基地为目标的逃亡查明郑提督弑君的真相之旅；此时朝堂内外各方势力蠢蠢欲动，郑提督又该如何在这样的条件下继续保护对自己误解愈深的建文和查探皇帝魔化事件的真相呢？