快乐酷宝2地球附近的一个异空间中有一个酷宝王国，酷宝以人类情绪波动时散发的情感核能为食物。情感核能分两种，开心、欢乐时产生的情感核被称为七彩元动能，相反悲伤、痛苦产生的是黑色邪动能。女魔头阿酷波斯，率领叛军企图推翻酷宝国王的统治，并通过时光机逃到了20年前的人类世界，企图影响未来人类世界的快乐领袖——司徒乐的成长，让他容易产生邪恶的念头和情感，为阿酷波斯提供庞大的黑色邪动能，征服酷宝王国。酷宝国王得知阿酷波斯的计划，便派小宝前往过去的人类世界保护幼年的司徒乐。