GATE奇幻自卫队故事发生在一个平凡无奇的夏日午后，繁华的东京银座街头，忽然出现了一扇“门”，从门后面，涌出的是人们只在奇幻小说和网络游戏里所见所闻的法师、骑士和怪物，很快，东京的街头便成为了他们的战场，直到自卫队出现才稳住了局面。                                                                    　　这一事件给日本政府带来了巨大的损失和恶劣的影响，自卫队驻扎在了门的这一边，对门的那一边展开了紧锣密鼓的探索和搜查。更重要的是，那一边世界的政府，必须要向日本政府作出相应的赔偿。一场又一场激烈的战争在门的交界处上演着，前特殊作战群队员伊丹耀司（诹访部顺一 配音）成为了第三特遣队的队长，踏上了探索异世界的旅途。