大帝之剑德川幕府三代将军家光当政时期，风调雨顺，国泰民安。时世间流传三件神器的传说，分别是大帝之剑、斗神独钴杵、以及犹大的十字架，它们用宇宙金属铸就，持有者将获得征服世界的力量。武士万源九郎（阿部寛 饰）即为大帝之剑的持有者，他按照父亲临终前的嘱托四处寻找神器，要将它们送回“原来的归属之处”。路上他邂逅丰臣家的后代小舞（長谷川京子 饰）及其护卫真田忍者佐助（宮藤官九郎 饰）沿途艰险重重，还要时刻躲避幕府的追杀。另一方面，宇宙人兰（長谷川京子 饰）以及牡丹（黒木メイサ 饰）也时刻觊觎着万源九郎一行手中的神器。各怀鬼胎的敌人源源不断，万源九郎只得凭借大帝之剑杀出一条血路…