东京暗鸦故事背景为“灵祸”频发、阴阳师活跃于世的现代，16岁高中生土御门春虎（石川界人 配音）生于阴阳师世家土御门，虽为名门子嗣，他运气极差，且毫无天赋，自认为不适合成为阴阳师，和好友冬儿（木村良平 配音）无所事事度过每一天。他的青梅竹马土御门夏目（花泽香菜 配音）则是土御门下一代当家，她天赋异禀，认真负责，有着极高的担当继承人守护家族的觉悟。                                                                    　　时值暑假，夏目自东京归来。不久，“十二神将”之一、被称为“神童”的大连寺铃鹿引发了“泰山府君祭”事件。在混乱战斗中，春虎失去了亲友北斗，痛定思痛的他决定成为夏目的式神，重返阴阳师之路。