黑司祭们讲述了两名天主教司祭被卷入事件中以及由此展开的一系列故事。　　金司祭（金允石 饰）因总是擅自行动而被教会其他司祭所排挤，更为了拯救因一宗神秘交通事故而陷入危机的少女英申（朴洙垣 饰），在所有人的反对和怀疑中，做出了危险的选择，独自计划着所有的行动。神学院学生出身的崔副祭（姜栋元 饰），虽然曾是作弊又喝酒的不良学生，但具备了可以帮助金司祭的所有条件，于是他也加入到金司祭的计划中，帮助他一起拯救少女。他并不相信金司祭所作的一切，在帮助他的同时也担负起监视他的任务，与金司祭一起进行危险的仪式，却被卷入了意料之外的神秘事件。