我的奇妙男友2之恋恋不忘女演员田净植因为一场车祸，阴差阳错的苏醒了基因突变人薛灵乔，二人经历磨难，消除彼此的误解，陷入爱情。为了让田净植过上平凡的生活，薛灵乔选择离开。不久后，田净植怀孕，薛灵乔担心田净植母子的安危，秘密住在田净植家隔壁。田净植偶遇云臻，二人志趣相投。云臻向“准妈妈”田净植展开了强烈的追求攻势。以秋月白为首的“S组织”得知田净植怀了薛灵乔的孩子，以小舅的身份留在田净植身边，实则利用田净植母子为组织谋利。与此同时，田净植身体出现排异反应，而城中的女性失踪案屡次发生。为了保护心爱的人，更加为了避免殃及无辜，薛灵乔再次卷入这场基因突变人引起的风波中，设法解除危机。事件解决之后，田净植肚中的宝宝顺利出生，一家三口幸福的生活在一起。