假面骑士圣刃 深罪的三重奏距离假面骑士圣刃的变身者神山飞羽真等一众剑士们拼命拯救世界已经过去8年的时光。飞羽真收养了因卷入大战而失去父母的少年小陆。他的好友间宫和编辑须藤芽依也一起帮忙照顾。飞羽真想弥补小陆失去的父爱，但是却无法治愈他的创伤，已经11岁的他仍然没有露出笑容。另一方面成为翻译家的富加宫贤人即将与立花结菜结婚，正过着充实的每一天。但是，就在此时，在剑士们的身边开始发生了奇怪的事情，圣剑的持有者接连消失。正在新堂伦太郎开始调查此事时，假面骑士霸剑 惊异塞壬突然现身。解除变身后的篠崎真二郎自称是伦太郎的父亲，让伦太郎心烦意乱。此外，贤人碰上了霸剑，小陆放学未归，前往寻找小陆的飞羽真也遭到了霸剑的袭击。惊异塞壬奇幻驾驭书中隐藏着怎样可怕的力量？时光荏苒，等待飞羽真一行人的是最大最后的苦难！