亚马尻一家故事发生在近未来的日本，政府设立了一块拥有治外法权的特殊地区专门有安置穷凶极恶的罪犯。在这块地区中有一所名为“天堂学园”的中学，孤独的少女亚马尻菊之助是那里的学生，她失去了关于过去的一切记忆。有时，菊之助会在梦中看见父亲驮卫门、哥哥五卫门、直次郎和弟弟吉三，一家人幸福生活在一起。　　管理天堂学园的是校长生首团十郎，学校里净是些不良学生，暴力横行。转校生小雪成了被众人欺凌的对象。拥有正义感的菊之助拼命保护她，在与不良学生开战时，她突然感到一阵剧烈的头痛。　　无法无天的亚马尻一家一直是政府的敌人，一年前，他们遭到惨败。特别地带正是为了安置他们而设立的。为了压制菊之助等人的暴力冲动，他们的脑中被植入了电子装置，成了洗脑超音波研究的活体实验品，而主持这项研究的正是团十郎的女儿羽仁井薰子。　　菊之助发现了自己的身世，想要和家人团聚。亚马尻一家对团十郎一家的大战拉开了序幕……