Z X IGNITION近未来の東京。車は列なり、電車が走り、ひっきりなしに人々が行き交う、何気ない日常の光景が繰り広げられている。街の上空に突如現れる黒い点。その点は見る見る大きさを増していき、街を飲み込んでいく。車も、電車も、そして人々も――。東京は直径数十キロもの黒いドーム、ブラックポイントに覆われた。拡大を止めたブラックポイントの間近。ギリギリ飲み込まれるのを免れたスカイツリーが屹立している。異様な光景を前に呆然としている人々。――と、ブラックポイント中から何かが近づいてくる。いつ果てるとも知れない絶望の中で、人々はブラックポイントより来たりし者を『Zillions of enemy X』、ゼクスと呼んだ―