少年同盟第二季故事以5个高中二年级学生的校园生活为主线，双胞胎兄弟浅羽悠太和佑希，和他们的青梅竹马——冢原要和松冈春，以及转校生橘千鹤。他们共同经历了一季的校园生活，今后的他们，将又迎来怎样美好的青春故事呢？　　新的学期又开始了，5个少年迎来了人生中第17个冬季。这天，他们一起去冢原要家吃饭，饭后他们决定都留下来过夜……圣诞节来临，他们又遇到怎么样的小状况呢……一个个温馨幽默的小故事，就这样每天在他们身边发生；个性不同的人物也一个个陆续登场……他们的生活看似一如既往的平淡，却在他们不经意的时候悄悄发生了变化。在吵吵闹闹、诙谐悠闲的日常中，折射出5个少年真真实实、美好温馨的青春岁月。