密战峨眉故事发生在抗日战争时期，为避免国宝毀于战火，当局将近万箱文物运到四川峨眉山。日军得知其中有一枚印玺藏有千吨黄金宝图，遂派间谍跟踪而至，以企窃取充军饷。中共特工叶钊（富大龙 饰）奉命潜入日谍內部，他与县长千金沈婕（高洋 饰）假扮夫妻，并联手爱国军人柳絮飞（姬晨牧 饰），干掉了日谍头目。华北派遣军再次派新的日谍头目重返峨眉，接手中断的阴谋。1942年，日军要轰炸蒋府官邸，借此打击我抗战民众之决心，叶钊临危受命再入虎穴，他修改了敌机航向座标，致使敌轰炸机撞山坠毀。1945年，抗战胜利前夕，吴石将军（鲍国安 饰）交给叶钊新的潜伏任务，叶钊与沈婕相约胜利后结成真正的夫妻，可在欢庆胜利的时刻，沈婕却得到了不幸的消息......