覆雨翻云故事发生在明朝，失忆的风行烈（林峰 饰）并不知道自己是蒙古国王子，追求逍遥自由的本性表露无遗，更为了博取靳冰云（郭羡妮 饰）红颜一笑，决定夺取武林宝剑覆雨剑，因而与韩柏（黄宗泽 饰）不打不相识，更结交成为好友。那边夺回的覆雨剑却被冰云送给大魔头庞班（郭政鸿 饰），风行烈始料未及。原来冰云一心所钟情的是庞班，为了爱人不惜出卖风行烈，累及风行烈失去所有武功还被追杀，幸得韩柏相救。此时韩柏士别三日当刮目相看，已得到赤尊信传授毕生功力成为武林高手。　　庞班所作的一切其实是为了辅佐风行烈复国，而复国最大的阻碍来自韩柏。要发挥覆雨剑最大的功效，就必须要练成“剑心通明”，江湖上能与风行烈共练此剑的，唯有慈航静斋大弟子秦梦瑶（佘诗曼 饰），然而身为大明的支柱，秦梦瑶立场坚定。风行烈唯有用情来打动她。而明室之中，亦有内奸，最有才能的燕王朱棣面对天命及冤屈，亦要做出重大的选择。