父亲的身份故事发生在1948年，特别调查局要员俞北平（陈建斌 饰）被上级调往青城，奉命调查发生在那里的命案，可实际上，俞北平的真实身份正遭到上级的调查和怀疑，他时时刻刻都处于危险之中。在青城，俞北平遇见了名为林莎（齐溪 饰）的女子，身为美军中尉的她，其真实身份其实是俞北平失散多年的女儿。　　俞北平还有一个小女儿名为徐丹妮（朱颜曼滋 饰），此时正在青城上大学的她被卷入了和已婚大学教授的不伦之恋之中无法自拔，与此同时，她和父亲之间的关系亦因为俞北平特殊的身份而陷入了僵局之中。俞北平一边要顺利完成上级交代的任务，一边要和狡猾阴险的敌人周旋，一边还要承受来自至亲的不解和误会，他陷入了苦战之中。