超级小郎中故事讲述了二十年代民国初期，天灾人祸兵乱持续不绝，民众苦不堪言，更有居心叵测之徒借机作乱为恶。体内暗藏龙灵之力的小郎中杨逸因瘟疫事件卷入了上海各方势力波云诡谲的争斗之中，并因此结识了上海市市长莫森之女莫小渝，并与之相爱。幕后黑手，同时也是杨逸师叔身份的多同，由于其疯狂地追求“长生”的妄想，不惜人为地散播瘟疫，以人为药材炼制禁药赚取暴利，而后更不惜暗杀政要，挑拔激化各方军阀矛盾诱发战乱，其最终目的却是达成制造“六祸”，血祭众生以换取个人长生的邪恶目标。